在夫妻共同经营的店铺面临离婚时，财产分割是一个复杂而敏感的问题。店铺可能不仅仅是物质财富的代表，还可能承载着双方共同的梦想、努力和回忆。因此，处理这样的财产分割需要谨慎和细致，以确保双方的权益得到公平对待。

首先，夫妻双方需要对店铺的资产进行全面的清算。这包括店铺的固定资产、流动资金、债权债务、无形资产（如品牌价值、客户资源）等。通过专业的会计师或评估机构进行资产评估，可以确保店铺的实际价值得到准确的反映。

其次，夫妻双方应当根据店铺的实际情况，协商决定分割的方式。如果双方都希望继续经营店铺，可以考虑将其分割为两个独立的实体，或者一方继续经营，另一方获得相应的补偿。如果双方都不愿意继续经营，店铺可以被出售，所得款项按照双方的协议或法律规定进行分割。

在协商过程中，双方应当保持开放和诚实的沟通，尊重彼此的感受和利益。如果协商无法达成一致，可以寻求第三方调解或者法律途径来解决争议。

值得注意的是，店铺的分割不仅仅涉及金钱的分配，还可能影响到员工的就业和客户的利益。因此，夫妻双方在考虑个人利益的同时，也应当考虑到这些相关方的利益，尽量减少对他们的负面影响。

最后，财产分割的结果应当以书面形式确认，并由双方签字。这样可以避免日后的纠纷，确保双方的权益得到法律的保护。

总之，夫妻共同经营的店铺在离婚时进行财产分割是一个需要综合考虑多方面因素的复杂过程。通过专业评估、公平协商和法律保护，可以确保双方的合法权益得到妥善处理，为各自的未来生活奠定坚实的基础。