在现代社会，随着经济的发展和人们观念的变化，夫妻共同持有公司股份的情况越来越普遍。然而，当婚姻走向终点，如何公平分割这些股份，并妥善处理可能引发的股东权益纠纷，成为一个不容忽视的问题。在离婚过程中，处理这类问题需要法律智慧与情感智慧的双重结合。

首先，夫妻双方需要明确共同持有的公司股份的价值。这通常需要专业的财务评估机构介入，对公司的资产、负债、营业收入、利润等进行全面评估，以确定股份的实际价值。在这一阶段，双方应当保持透明和诚信，确保评估结果的公正性。

其次，双方需要协商分割股份的方式。这可能包括直接分割股份、一方购买另一方的股份、股份转让给第三方等。在协商过程中，需要考虑到公司的未来发展、股东结构的稳定性和双方的实际利益。如果双方无法达成一致，可能需要通过法律途径解决。

在分割股份的过程中，还需要考虑到其他股东的权益。根据公司法的规定，股东对外转让股份时，其他股东通常享有优先购买权。因此，夫妻双方在分割股份时，应当通知其他股东，并给予他们相应的权利。如果其他股东放弃优先购买权，夫妻双方可以自行分割股份；如果其他股东行使优先购买权，则需要按照法律规定和公司章程进行操作。

此外，夫妻双方在分割股份时，还应当注意保护公司的商业秘密和知识产权。在离婚过程中，可能会涉及到敏感信息的泄露，这对公司的稳定运营可能会造成不利影响。因此，双方应当签署保密协议，确保在分割股份的过程中，公司的核心利益不受损害。

在处理股东权益纠纷时，可以考虑以下几个方面：

1. 沟通与协商：双方应当保持开放的沟通态度，尽量通过协商解决分歧，避免对簿公堂。

2. 法律咨询：在处理股份分割问题时，双方应当寻求专业法律人士的建议，确保自己的合法权益不受侵犯。

3. 中介机构：可以邀请第三方机构介入，如律师事务所、会计师事务所等，以中立的角度协助处理纠纷。

4. 股东大会：如果纠纷涉及公司重大决策，可以通过召开股东大会，让所有股东共同参与决策。

5. 调解与仲裁：如果协商不成，可以考虑通过调解或仲裁的方式解决纠纷，这些方式相比于诉讼更为高效和灵活。

总之，在离婚过程中，公平分割夫妻共同持有的公司股份是一个复杂的过程，需要双方的理性和智慧。通过法律途径和情感沟通的结合，可以最大限度地减少对公司和股东的负面影响，实现双方利益的最大化。